1. Procesos urbanos y ambiente
Este programa se ocupa teórica y empíricamente del estudio de los procesos de reconfiguración espacial que se están produciendo a diferentes escalas geográficas: el barrio, la ciudad y la región. Con un enfoque transdisciplinar se preocupa por las consecuencias físicas y sociales de los fenómenos indicados, así como de plantear estrategias que contemplen los desafíos del desarrollo urbano-regional.
Se estructura según los siguientes ejes temáticos: Sistemas urbanos sustentables, Modelos de ciudad y desarrollo urbano, y Procesos de producción del hábitat.

2. Bienes, riesgo y cambio ambiental
El presente programa se ocupa de investigar acerca de los bienes comprometidos con el crecimiento de las ciudades, a escala tanto local como regional. Se estudian además los diferentes aspectos y procesos que determinan las condiciones de vulnerabilidad y riesgo de los asentamientos humanos, incluyendo no sólo aquellos vinculados a la ocurrencia de fenómenos de origen natural, sino también a aquellos que son resultado de la convergencia de diferentes formas de ocupación del territorio, así como de los efectos e impactos sociales y materiales que enfrentan nuestras sociedades a partir de estos fenómenos.
Se estructura según los siguientes ejes temáticos: Geografía Urbana Aplicada, Bienes y Cambio Ambiental, y Riesgos y Vulnerabilidad Ambiental.

3. Políticas, instrumentos y tecnologías para la gestión ambiental del territorio
Este programa de investigación se ocupa del estudio de las políticas que sustentan la gestión ambiental urbana, y su traducción en prácticas concretas de intervención en del territorio. Tiene también como objetivo indagar acerca de las distintas herramientas de planificación estratégica de ciudades, abordando el conjunto de prácticas de intervención que tienen efectos significativos sobre el funcionamiento del sistema urbano, y las tecnologías apropiadas a aplicar en cada caso.
Se estructura según los siguientes ejes temáticos: Planificación y Gestión Ambiental Urbana, Métodos y Aplicación de Tecnologías de Información Geográfica, y Políticas urbano-ambientales y desarrollo.

4. Cultura, naturaleza y patrimonio socioambiental
Este programa estudia a escala nacional, regional y local la interdependencia entre cultura y naturaleza, promoviendo el reconocimiento y valoración del patrimonio socioambiental, con el fin de fomentar el interés, el cuidado y la preservación del patrimonio cultural y natural. Se ocupa especialmente de analizar y ponderar los cambios que este patrimonio ha sufrido en el transcurso de los años, así como de proponer estrategias de acción que contribuyan en la generación de actitudes responsables en la acción sobre estos bienes.
Se estructura según los siguientes ejes temáticos: Paisaje, Ambiente y Patrimonio; y Educación ambiental.

5. Energías y ciudad
Este programa se plantea el objetivo de conocer y estudiar las posibles aplicaciones de tecnologías limpias y apropiadas en el ámbito territorial, arquitectónico y constructivo con el fin de contribuir en el diseño y aplicación de las tecnologías apropiadas y energías alternativas en distintos proyectos de intervención y gestión urbana. Se trabajará a escala nacional, regional y local la relación entre economía, política energética y desarrollo sustentable, atendiendo a la búsqueda de equidad en el consumo que proteja a los sectores más vulnerables.
Se estructura según los siguientes ejes temáticos: Usos eficientes de Energía en el ámbito urbano y Energías renovables no convencionales.