El CICTA desarrolla la Línea de Investigación en Producción Alimentaria a través de cuatro Programas de Investigación Desarrollo e Innovación (I+D+I).
a) Calidad, Inocuidad y Genuinidad de Alimentos para el Desarrollo Regional y Nacional.
b) Desarrollo de Procesos para la Sustitución de Importaciones y Estrategias para la Formación de Recursos Humanos.
c) Optimización de Procesos y Desarrollo de Productos con Valor Agregado para Mejorar la Sustentabilidad de Pymes, Micro-emprendimientos y Cooperativas Regionales.
d) Eco-innovación en la producción agroindustrial: Desarrollo de procesos y productos alimenticios sostenibles hacia una economía circular